بناءً على كونها فرعاً لجامعة أم القرى بمدينة الطائف، صدر الأمر الملكي الكريم بتحويلها إلى جامعة مستقلة بناءً على الموافقة السامية رقم 7/ب/ 22042، وتاريخ 10/ 5/ 1424هـ الموافق 9/7/2003م بمسمّى "جامعة الطائف"، وبذلك انطلق فصل إداري وأكاديمي جديد وواعد في تاريخ الجامعة حيث عملت اللجان المختصة على تطوير هيكلة الجامعة والبدء بإنشاء العديد من الكليات الحديثة وكان من أولها كلية الطب بشطر البنين.
وخلال عامين، استقبلت كلية الطب أول دفعة لها ببداية الفصل الأول للعام الدراسي 1426-1427هـ بعدد (86) طالبا واستمرت في النمو باستقبال دفعات جديدة عاما بعد عام مع الكثير من فصول التحديات والنجاحات على مختلف الأصعدة، وكان نتاج ذلك الإنجاز بتخريج أول دفعة في تاريخها بنهاية الفصل الثاني للعام الدراسي 1432-1433هـ.
تفتخر الكلية بكونها من أوائل كليات الطب في المملكة التي انتهجت "النظام المدمج" في المنهج الأكاديمي والذي أصبح فيما بعد النظام الأساسي في أغلب الكليات. وحصلت مؤخرا على الاعتماد الأكاديمي .......
كما تفتخر الكلية بكوكبة رائدة منسوبيها في مختلف التخصصات الطبية الأساسية والإكلينيكية وبكون العديد منهم من خريجي الكلية من مختلف الدفعات وبانتظام ما يقارب ( 1500 ) طالبا وطالبة يتطلعون لخدمة وطنهم ومجتمعهم على أكمل وجه.